Dunia tumbuhan dikelompokkan menjadi Bryophyta, Pteridophyta dan Spermatophyta. Berikut akan dijelaskan masing-masing kelompok tumbuhan tersebut dari yang paling rendah tingkatannya (Bryophyta) sampai dengan tumbuhan yang paling tinggi tingkatannya (Spermatophyta). Dilihat dari ciri-ciri karakteristik morfologi, dunia tumbuhan dikelompokkan sebagai berikut.
1. Tumbuhan Lumut (Bryophyta):
Tumbuhan lumut susunan tubuhnya lebih kompleks dibanding dengan Thallophyta. Dalam daur hidupnya terdapat pergantian keturunan (metagenesis) antara turunan vegetatif dengan turunan generatif. Gametofit lebih menonjol dibanding sporofit. Gametofit merupakan turunan vegetatif yang melekat pada substrat dengan menggunakan rizoid. Sporofit merupakan turunan vegetatif berupa badan penghasil spora (sporangium). Sporofit itu tumbuh pada gametosit bersifat parasit. Habitatnya di daratan yang lembab, ada pula yang hidup sebagai epifit. Tubuhnya tidak memiliki berkas pembuluh (vaskular seperti pembuluh xilem dan floem). Berdasarkan struktur tubuhnya dibedakan atas lumut hati (Hepaticae) dan lumut daun (Musci). Lumut digunakan untuk mengobati hepatitis, yaitu Marchantia polymorpa. Selain itu Sphagnum dapat digunakan sebagai pembalut atau pengganti kapas.
Lumut dibagi menjadi 3 kelas:
a). Lumut Hati (Hepaticopsida)
Bentuk seperti lembaran yang berlobus seperti hati yang disebut Talus. Hidup menempel di atas permukaan tanah yang lembab atau terapung di atas air. Reproduksi aseksual dengan menggunakan gemma atau spora. Reproduksi seksual dengan pembentukan sel gamet. Contoh : Marchantia polymorpa dan Porella
b). Lumut Tanduk (Anthocerotopsida)
Lumut ini berhabitat di tepi sungai, danau dan sepanjang selokan, hidup dengan berkelompok. Lumut tanduk mempunyai gametofit mirip dengan lumut hati, perbedaannya hanya terletak pada sporofitnya. Sporofit lumut tanduk mempunyai kapsul memanjang yang tumbuh seperti tanduk dari gametofit masing-masing mempunyai kloroplas tunggal. Mengalami metagenesis. Reproduksi sama dengan lumut hati. Contoh : Anthoceros natans.
c). Lumut Sejati/Lumut Daun (Bryopsida)
Lumut daun merupakan lumut yang paling banyak dikenal. Hamparan lumut sering terdapat di tempat-tempat yang lembab. Batang tegak, bercabang, dan berdaun kecil. Hidup ditanah, tembok, dan tempat terbuka. Mengalami metegenesis. Reproduksi vegetative dengan pembentukan kuncup (gemma) reproduksi seksual dengan peleburan sel gamet. Contoh : Polytrichum junipericum,Funaria, Pogonatum cirratum dan Sphagnum.
2. Tumbuhan Paku (Pterydophyta):
Tumbuhan paku-pakuan sudah memiliki akar, batang dan daun, sehingga tingkatannya lebih tinggi dibanding tumbuhan lumut. Pada batang sudah terdapat jaringan pengangkut xilem dan floem yang teratur. Seperti halnya lumut, tanaman ini dalam reproduksinya mengalami metagenesis, turunan gametofit dan sporofitnya bergantian. Sporofit yang bersifat autotrop merupakan tumbuhan yang sempurna, sehingga mempunyai usia yang relatif panjang dibandingkan dengan gametofitnya. Generasi gametofitnya berupa protalium, merupakan tumbuhan yang tidak sempurna walaupun bersifat autotrop. Oleh karena itu, usianya relatif pendek. Ciri morfologis yang tampak adalah ujung daun yang masih muda terlihat menggulung. Embrionya berkutub dua (bipolar), sedangkan tumbuhan dewasanya berkutub satu (monopolar). Tumbuhan paku-pakuan dapat tumbuh dengan baik pada lingkungan yang lembap dan ada beberapa jenis paku-pakuan yang dapat hidup di dalam air. Manfaat tumbuhan paku: sebagai bahan bakar, sebagai tanaman hias, untuk obat-obatan, untuk sayuran, tempat menanam anggrek, sebagai pupuk hijau.
Ditinjuan dari macam spora yang dihasilkan, tumbuhan paku dapat dibedakan menjadi tiga golongan sebagai berikut: Paku Homospora (isospora) adalah kelompok paku yang menghasilkan satu jenis spora yang bentuk dan jenisnya sama, misalnya Lycopodium (paku kawat). Paku Heterospora adalah paku yang menghasilkan dua jenis spora yang berlainan atau menghasilkan spora yang bentuk dan jenisnya berbeda, misalnya Selaginella (paku rane). Paku Peralihan merupakan peralihan antara homospora dengan heterospora, yaitu menghasilkan spora yang bentuk dan ukuran sama tetapi berbeda jenisnya, misalnya Equisetum debile (Paku ekor kuda).
Pembagian Pterydophyta
a. Psilophyta (paku telanjang)
Mempunyai ranting dikotom dan tidak berdaun dan tidak berakar sejati dan tidak mempunyai pembuluh angkut, misalnya Psilotum.
b. Lycopodiophyta (Paku kawat)
Daun kecil tersusun spiral. Batang seperti kawaat. Sporangium muncul di ketiak daun dan berkumpul membentuk strobilus, misalnya Lycopodium dan Selaginella
c. Sphenophyta (Paku ekor kuda)
Daun kecil, tunggal dan tersusun melingkar. Sporangium terletak dalam strobilus, misalnya Equisetum sp.
d. Pterophyta (Paku sejati)
Habitat sebagian besar di darat misalnya di hutan subtropics maupun tropis. Punya akar, batang, dan daun sejati, dimana daun berukuran besar dengan tulang daun bercabang. Daun muda menggulung. Sporangium terletak dalam sporofil, misalnya Marsilea crenata, Asplenium nidus, Adiantum cuneatum, Azolla pinata
3. Spermatophyta (Spermatophyta)
Spermatophyta merupakan tumbuhan tingkat tinggi. Organ tubuhnya lengkap dan sempurna, sudah terlihat adanya perbedaan antara akar, batang dan daun yang jelas atau sering disebut dengan tumbuhan berkormus (Kormophyta). Sporofit merupakan tanaman yang utama, sedangkan gametofitnya merupakan bagian tanaman yang nantinya akan mereduksi. Tumbuhan yang menjadi anggota Spermatophyta menggunakan biji sebagai alat reproduksi, melalui fertilisasi antara spermatozoid yang dibentuk dalam kepala sari dengan ovum dalam kandung lembaga. Hasil fertilisasi akan disimpan dalam biji yang dilindungi oleh kulit biji dan akan disuplai nutrisi dari endosperm (cadangan makanan).
Berdasarkan kondisi bijinya, Spermatophyta digolongkan menjadi tumbuhan berbiji terbuka (Gymnospermae) dan tumbuhan berbiji tertutup (Angiospermae)
a. Gymnospermae
Ciri morfologi tumbuhan ini adalah berakar tunggang, daun sempit, tebal dan kaku, biji terdapat dalam daun buah (makrosporofil) dan serbuk sari terdapat dalam bagian yang lain (mikrosporofil), daun buah penghasil dan badan penghasil serbuk sari terpisah dan masing- masing disebut dengan strobillus.
Ciri-ciri anatominya memiliki akar dan batang yang berkambium, akar mempunyai kaliptra, batang tua dan batang muda tidak mempunyai floeterma atau sarung tepung, yaitu endodermis yang mengandung zat tepung. Pembuahan tunggal dan selang waktu antara penyerbukan dengan pembuahan relatif lama. Berkas pembuluh angkut belum berfungsi secara sempurna berupa trakeid. Yang termasuk golongan ini adalah Cycas rumphii (pakis haji), Ginko opsida (ginko).
Pembagian dari gymnosspermae menjadi 4 ordo;
1). Cycodales, cirinya batang tidak bercabang, daun majemuk tersusun sebagai tajuk di puncak pohon, misalnya Cycas rumphii. 2). Ginkgoales, cirinya tinggi pohon dapat mencapai 30 m, daun berbentuk kipas dan mudah gugur, berumah dua, misalnya Ginkgo biloba. 3). Coniferales, cirinya tumbuhan yang alat reproduksinya baik jantan maupun betina berupa strobilus berbentuk kerucut, misalnya Agathis, Pinus, Cupressus, Araucaria, Juniperus. 4). Gnetales, berupa perdu dan liana dan pohon. Daun berhadapan, dengan urat daun menyirip. Strobilus tidak berbentuk kerucut, misalnya Gnetum gnemon.
b. Angiospermae
Tanaman angiospermae mempunyai ciri-ciri morfologi sebagai berikut mempunyai bunga yang sesungguhnya, bentuk daun pipih dan lebar dengan susunan daun yang bervariasi, bakal biji tidak tampak terlindung dalam daun buah atau putik, terjadi pembuahan ganda, pembentukan embrio dan endosperm berlangsung dalam waktu yang hampir bersamaan.
Angiospermae dibedakan menjadi dua kelas berdasarkan keping biji (kotiledon), adalah sebagai berikut.
a) Monokotiledon, yaitu tumbuhan yang mempunyai keping biji tunggal.
Contohnya kelapa (Cocos nucifera), melinjo (Gnetum gnemon).
b) Dikotiledon, yaitu tumbuhan yang mempunyai keping biji dua.
Contohnya petai (Parkia speciosa), cabe rawit (Capsicum frustescens)